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circbase

 

今年以来,国内环状RNA(circRNA)的研究热潮不断升温,越来越多的circRNA如春笋般涌现出来。由于circRNA的结构特殊性,如何采用定量PCR技术对circRNA平行验证成为当下一个热点问题。今天,小编邀请技术部的刘建宁老师继续为大家实例讲解circRNA的引物设计。由于内容丰富,circRNA的引物设计将分上下两篇呈现给大家。

 

言归正传,我们以环状RNA数据库circbase(http://circbase.org/)中收录的hsa_circ_0063162为例,为小伙伴详细介绍从circRNA序列获取到引物设计的全过程。马上动手试试吧!

 

CircRNA信息查找

 

首先访问circbase数据库(http://circbase.org/),如下图所示。
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在Search上方的框中输入:hsa_circ_0063162,点击Search进行查找,查找结果如下图示。

 

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CircRNA序列下载

 

3.点击position (genome browser link)

 

项目下的“chr22:36889679-36889850”,操作界面会跳转至UCSC数据库,界面如下图所示。

 

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4.点击界面左方

has_circ_0063162

has_circ_0063163

按钮,会打开新的界面,如下图所示。

 

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5.点击View DNA for this teature(hg19/Human) 按钮,进入序列下载界面,如下图所示。
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6.按照默认参数,点击get DNA按钮获取序列,进入界面如下图所示。

 

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7.将序列复制粘贴至记事本(.txt)中即获取了所需的circRNA序列信息。小伙伴你会了吗?试试获取其他的circRNA序列吧!

 

circRNA-moban

25 条评论

  • 119279791 2017-08-31

    如此获得的序列到底是DNA的还是反向互补RNA的序列?

  • hzrna03 2017-08-31

    就是circRNA的序列

    • biomedical007 2017-10-23

      请问这样获得的是环状RNA的DNA序列么,还有预测他的结合miRNA是不是就可以直接用这个序列到RegRNA2.0去预测

      • hzrna03 2017-10-23

        就是circRNA的序列,可以用这个序列去预测mIRNA和circRNA结合位点

  • tsfnlr 2017-10-24

    您好!我想问一下,利用你上述的方法获取到的序列是genomic length,有些很长10000多吧,但它的Spliced sequence length大概只有700,这个700是只包含外显子的长度吗,请问要如何获取长度为700的序列啊,求大神指导

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