小技能一条评论

1

 

今天为大家介绍一个基因信息网站:Genecards。该网站收录了关于人的蛋白质编码基因、假基因、RNA基因、遗传基因座、基因簇和未分类的基因等详细信息。

 

该网站对基因的信息进行了详细的总结,包括基因别名、基因在基因组中的相关位置信息、基因蛋白信息和蛋白结构域信息,基因功能、基因定位、基因参与的通路和互作蛋白、基因在药物方面的应用、基因转录组信息和基因不同水平上的表达等。

 

以基因 ERBB2 为例,在首页搜索框输入基因 symbol 号(gene ID、者别名)开始查找,会直接跳转到结果界面(如果用Keywords 搜索,可选择 score 最高,相关性最强的基因进入)。

 

由于页面信息量较大,可通过点击 Jump to section 中的词汇直接跳转到感兴趣版块区域。

2

 

比如,“Summary” 这个模块整合了不同数据库对这个基因的解释说明。点击箭头所指位置,可以链接到该数据库中,显示对基因“ERBB2”的详细解释。这些数据库包括:Entrez Gene(NCBI), CIViC, UniProtKB(UniprotKB/Swiss-Prot/ UniprotKB/TrEMBL), Tocris Bioscience, PharmGKB, and GeneWiki等。

3

 

再如,”Genomic”中介绍了基因相关的基因组信息包括:如调控元件(如增强子、启动子、转录因子)的相关信息、基因组中ERBB2的定位数据以及序列信息(如下图)等。

 

4

 

Protein” 这个模块显示了ERBB2的蛋白质相关信息,包括:ERBB2编码蛋白质的三维结构、转录后修饰及与其互作的蛋白信息等。

 

5

 

Location”中会显示ERBB2的亚细胞定位及相关功能信息,可点击查看。

 

6

 

Function” 这个模块整合多个数据库进行注释,功能注释会更全面。ERBB2的分子功能简介,箭头处可点击,查看详细内容。

7

 

GO 注释:molercularfunction 相关的 GO 注释,箭头处可输入关键词进行查找。

8

 

Pathways” 模块中不仅仅包含 KEGG 还有其他的数据库如 Cell Signaling Technology, R&D Systems, GeneGo (ThomsonReuters), Reactome, BioSystems, Sino Biological, Tocris Bioscience, PharmGKB,Qiagen, and GeneTex等。除了查看Pathway信息,还可查看互作蛋白的信息。

 

9

 

今天的内容就到这里啦,更详细的内容大家可以到Genecards(http://www.genecards.org)接着探索~

 

文章|基迪奥生物微信号

circRNA-moban

1 条评论

发表评论