circRNA社区-小技能27条评论

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RegRNA网站是一个功能强大的在线分析RNA motif的工具,从RNA剪接位点、转录因子结合位点到miRNA结合位点的预测,通过该网站都能实现。环状RNA作为一类新的分子,在预测circRNA与miRNA结合位点的在线工具还不是很多,像Circular RNA Interactome等网站只能通过circRNA的circBase ID号进行预测。而通过高通量测序得到新的circRNAs序列没有对应circBase ID号时就无法进行预测了。RegRNA则从circRNA序列本身进行预测,很好解决了这个问题。RegRNA网站由台湾国立交通大学科学家建设和维护,目前已经升级到2.0版本,网址:http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

 

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本次介绍通过RegRNA 2.0网站预测环状RNA hsa-circ-0000284的miRNAs结合位点。

 

1、第一步点击菜单栏上的scan,跳转到scan界面。将hsa-circ-0000284的基因序列粘贴进网站第一个文本框中,需要注意的是序列格式。可以参考网站本身给出的example序列格式。

 

circrna2

 

2.下拉网页找到RNA-RNA interaction region处,勾选miRNA Target Sites,这里默认的物种是 Homo sapines不需要更改,其他预测参数可以用默认的,也可以根据需要进行更改。

 

3.设置好各项参数后,点击submit,仅可进行预测。reset的功能是将上述预测参数进行重置,全部恢复至默认状态。

 

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4.网站的预测速度一般很快,几秒钟后就会返回结果。下图是预测后的结果,包括示意图、预测到的可结合miRNAs信息及结合位点序列,还提供可下载的结果,非常方便。

 

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5、点击预测结果中structrue下的放大镜标志,可查看具体miRNA结合位点的详细信息,包括RNA的二级结构信息等。

 

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文章来源:美篇,一瓣橙色

27 条评论

  • wuyh51 2019-08-22

    我分析的是环状RNA hsa_circ_0007113的靶向miRNA,输入RegRNA2.0中的长度为:Genomic Size: 19018,软件报错,长度超过了,这个该如何分析。

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