circRNA是一类闭合环形的“非编码”RNA。由于circRNA 稳定表达、不易降解 、具有组织特异性、疾病特异性等特点，且血液中已经发现丰富的表达， 使得circRNA 成为非常非常理想的Biomarker。但是，在实际的研究过程中，我们会发现，用血清血浆来进行高通量circRNA差异筛选，再进行后期的验证和建模，有时并不理性，找不到合适的circRNAs。那么，血来源样本，是否还有其他可选来进行circRNA的biomarker研究呢？PBMC（peripheral blood mononuclear cells），就是一个可以考虑的样本类型。

第一个问题，所有的疾病都可以用PBMC样本来进行biomarker研究呢？

答案当然是否定的。为什么呢？PBMC，外周血单个核细胞，包含淋巴细胞、单核细胞(monocyte)、树突状细胞和其它少量细胞(造血干细胞等)。因此，相对来说，跟免疫反馈等相关的疾病肯定是可以考虑用PBMC的，当然，癌症研究肯定是可以考虑的。

第二个问题，PBMC样本，用于circRNA的biomarker研究，靠谱么？

这个问题肯定得用文章来说话。近期在《Molecular Immunology》发表了一篇有关肺结核相关的circRNA研究，就很好的说明了从PMBC中检测circRNA，可以发现用于肺结核诊断的潜在biomarker。

第三个问题，PBMC样本，高通量检测circRNA，效果怎么样？

该研究通过对2个control样本，2个APTB样本进行circRNA特异性的二代测序，共发现有523个差异表达circRNA。其中，在APTB样本中，199个显著上调，324个显著下调。因此，PBMC样本的高通量circRNA检测，效果不错。

第四个问题，高通量筛选的circRNA，验证效果如何？

通过对差异倍数比较明显的6个circRNA（hsa_circ_0005836, hsa_circ_0009128, hsa_circ_0003519, hsa_circ_0023956, hsa_circ_0078768, hsa_circ_0088452）进行了10对10和34对30的两次验证，发现circ_0005836在两次验证结果中，APTB病人都是显著下调，而hsa_circ_0009128在少样本时差异不显著，大样本是差异显著。因此，6个circRNAs能有2个验证吻合，验证效果还是比较好的。

第五个问题，这些差异的circRNA有哪些生物学功能？和结核病相关么？

目前对于circRNA的功能研究还比较少，大部分的circRNA功能是未知的。怎么挖掘circRNA的功能呢？ceRNA机制是最常见的circRNA作用方式，因此，通过预测结合circRNA的miRNA和下游mRNA，可以间接推测circRNA的生物学功能。分析结果显示，对靶向mRNA的GO富集结果中，主要是涉及到细胞分解代谢过程，代谢调控，催化活性功能，蛋白结合功能。KEGG通路分析显示，HTLV-1感染通路，激动蛋白细胞骨架调控，神经营养因子信号通路和mTOR信号通路等有显著富集。因此，这些差异circRNA可能通过这些生物学过程影响结核病的发生。

综上所诉，PBMC样本是可以用来进行circRNA的biomarker研究，而且找到的差异circRNA也确实和目标疾病相关。如果某项研究在常规样本中找不到合适的circRNA的biomarker的话，可以考虑用PBMC进行尝试。

参考文献：Zhuang, Z. G., J. A. Zhang, H. L. Luo, G. B. Liu, Y. B. Lu, N. H. Ge, B. Y. Zheng, R. X. Li, C. Chen, X. Wang, Y. Q. Liu, F. H. Liu, Y. Zhou, X. Z. Cai, Z. W. Chen and J. F. Xu (2017). “The circular RNA of peripheral blood mononuclear cells: Hsa_circ_0005836 as a new diagnostic biomarker and therapeutic target of active pulmonary tuberculosis.” Mol Immunol 90: 264-272.

来源：基因芯片知识屋