一、简介

DNA Research 上发表了中国农业科学院畜牧研究所的一篇文章，文章通过对家猪九个组织和三个不同的时期得到了家猪的circRNA分析数据，并且分析了其cirRNA的特征，功能和其他的数据的调控关系。最最重要的是他们构建了家猪的首个cirRNA数据分析平台数据库。这对于其他研究者进行更为深入的注释，表达量查询，circRNA调控网络的构建具有主要的帮助。

circRNA表达具有时空特异性，通常在果蝇的大脑，家猪的大脑，老鼠的胚胎中起调控作用。同时它还具有组织特异性，例如胎儿发育过程中在心脏、肺中特异性表达。

家猪跟智人的亲缘关系较近，由于家猪的体重、体型、发育、免疫等方面跟人较近，家猪也做人的药用模型。目前人和小鼠的数据较多，但是通过这些来研究家猪不同组织和时期的转录调控情况，效果较差。

因此我们收集了家猪的heart, liver, spleen, lung, kidney, ovarium, testis, muscle, and fat等组织，还有（0day、30day、240day）骨骼肌。进行了全基因组范围内的circRNA测序和分析。系统性的分析了家猪circRNA的分子特征、序列保守性、时空特异性，潜在功能和miRNA的结合位点。最后构建了第一个公开的S.srcofa的circRNA数据库。

二、结果

（1）S.scrofa circRNA 的鉴定和特征
circRNA大多处于编码区（68.40%）和基因间区（21.93%），当然也有部分在utr区域。
整体看来，家猪的circRNA中位数为509bp，人的是547bp。71.5%的circRNA 长度短于2Kb，这跟小鼠很像，GC含量为42.67%.

（2）家猪、智人和小鼠circRNA序列保守性分析

文章发现多于20.2%的猪的circRNA跟人具有直系同源性，16.96%跟小鼠具有同源性。这些证据表明家猪的circRNA跟小鼠和人的circRNA发挥着相同的功能。

（3）S.scrofa circRNA 两侧都是长内含子

通过分析序列保守性，也发现家猪的circRNA 两侧存在较长的内含子。

( 4 ) circRNA isoforms 和多种调控模式

从2538个注释的host基因鉴定了4928个circRNA，85.7%的基因产生多于两个circRNA。
There are structural complexities among well-expressed circRNAs.
circRNAs produced from back-splicing have splicing signals at their
junctions.

（5）S.scrofa circRNA 潜在作为miRNA 的海绵结构

之前有报告成circRNA可能是在调控RNA表达是miRNA的海绵结构，为了验证。文章利用生信方法对miRNA和circRNA的结合位点进行了预测，其中利用了三种预测方式。鉴定出1842个circRNA跟miRNA进行结合（符合三个预测软件标准的）。

（6）主导的circRNA 组织特性表达和在睾丸中高度富集

circRNA在不同组织的富集情况和其几种富集的几种组织和统计。

（7）circRNA 在骨骼肌发育过程中的差异表达

在骨骼肌发育的不同时期共有和特有的基因，及其表达情况。

（8）S.scrofa circRNA 数据库

重点中的重点，文章构建了一个属于S.scrofa的circRNA数据库。之前小编只是见过人和小鼠的各种数据的数据库，接下来属于各个物种的各种数据的数据库应该会井喷。

下载原文：Genome-wide profiling of Sus scrofa circular RNAs across nine organs and three developmental stages

解读来源：微信公众号生信人