circVIEW安装及使用方法（circRNA tool)

1.1。基本特性：CircRNA可视化

1.1.1运行此程序之前需要安装Java虚拟机。请参阅7如何安装JAVA虚拟机。

1.1.2从http://github.com/GeneFeng/CircView/blob/master/CircView.tar.gz下载并解压缩“CircView.tar.gz”

双击CircView.jar启动程序。

1.1.3从https://github.com/GeneFeng/CircView/blob/master/testdata/human.tar.gz下载并解压缩circRNA数据

1.1.4点击“CircRNA” - >“加载数据”按照物种和工具。 1.1.5点击列表面板上的基因转录本，查看circRNA的图像。 1.1.6可以通过名称或位置搜索基因转录物。 1.1.7点击一个“

1.2。高级功能：MRE和RBP站点CircRNA上的可视化

1.2.1需要安装MySQL，请参阅8如何安装MYSQL。

1.2.2重新启动CircView.jar

1.2.3从http://gb.whu.edu.cn/CircView/testdata/mre_human.tar.gz下载并解压缩MRE数据

1.2.4单击“MRE” - >“加载数据”加载MRE文件。

1.2.5从http://gb.whu.edu.cn/CircView/testdata/rbp_human.tar.gz下载并解压缩RBP数据

1.2.6点击“RBP” - >“加载数据”加载RBP文件。

1.2.7加载circRNAs数据，见1.1.4

1.2.8检查MRE或RBP以将环境RNA中的MRE位点（蓝线）或RBP位点（红色三角形）添加到CircRNA。 1.2.9单击“详细信息”按钮，查看MRE和RBP站点的详细信息。

2.如何获取CIRCVIEW和测试数据

从http://github.com/GeneFeng/CircView/blob/master/CircView.tar.gz下载CircView应用程序从

https://github.com/GeneFeng/CircView/blob/master/testdata 下载

circRNAs测试数据下载MRE数据从http://gb.whu.edu.cn/CircView/testdata/mre_human.tar.gz 从下载RBP数据

http://gb.whu.edu.cn/CircView/testdata/rbp_human.tar.gz

3.如何管理CIRCRNAS数据

3.1。CircRNA识别工具管理

CircView默认集成了6种CircRNA识别工具（CIRCexplorer，circRNA_finder，CIRI，find_circ，Mapsplice和UROBORUB）。
用户可以使用菜单“CircRNA” - >“添加工具”或“CircRNA” - >“删除工具”来添加或删除工具。

3.2。CircRNA数据管理

CircView可以直接从默认的6个CircRNA识别工具的输出中加载CircRNA数据。

用户还可以通过六个制表符分隔列（包括染色体，起始点，终点，运行次数/名称，连接读数和链）导入其他工具识别的circRNA。

4.如何管理物种数据

默认情况下，CircView提供7种（人类（hg38），人类（hg19），鼠标（mm10），鼠标（mm9），斑马鱼（zv9），飞行（dm6），C.elegans（ce10））。 使用菜单“物种” - >“添加物种”或“物种” - >“删除物种”，用户还可以通过兼容格式添加或删除物种注释数据。

5.如何找到CIRCRNA数据库

CircView提供了链接到现有的circRNA数据库，包括Circ2Traits，CircBase，CircInteractome，CircNet，circRNADb，StarBase和TSCD。

6.如何管理MRE和RBP数据

CircRNA主要作为调节元件的海绵，如miRNA响应元件（MRE）和RNA结合蛋白（RBP）。CircView提供了高级功能来显示监管元素。

本模块要求用户在本地安装MySQL，请参阅8如何安装MYSQL。用户可以加载和显示由TargetScan（http://targetscan.org/）标识的MRE数据和/或由starBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）标识的RBP数据或任何其他工具。格式需要五个制表符分隔列，包括染色体，起始位点，终点位点，MRE / RBP名称和描述。

加载MRE或RBP文件将创建表和存入数据到MySQL数据库，并且清除MRE或RBP将从数据库中删除数据。由于数据持续存在，

7.如何安装JAVA虚拟机

需要在运行此程序之前安装Java虚拟机。只需访问http://www.java.com，下载Java并安装它。

8.如何安装MYSQL

8.1。对于Windows

8.1.1从http://gb.whu.edu.cn/CircView/MySQL/mysql_windows.tar.gz下载并解压缩MySQL安装文件

8.1.2双击“NDP46-KB3045557-x86-x64-AllOS-ENU .exe“安装.NET Framework。

8.1.3双击“mysql-installer-community-5.7.16.0.msi”安装MySQL。请在安装过程中为用户root创建密码“12345”。

8.2。对于Mac OS

8.2.1从http://gb.whu.edu.cn/CircView/MySQL/mysql-5.7.17-macos10.12-x86_64.dmg下载MySQL安装文件

8.2.2双击“mysql-5.7”。 17-macos10.12-x86_64.dmg“来安装MySQL。请在安装过程中为用户root创建密码“12345”。