研究circRNA再也不用愁啦，这几款神器安利给你

may0419
2019/08/05 th, 09:55:14

circRNA社区没有评论

转自：杭州贺普生物（微信公众号）

01

circBase: 基本环状DNA数据库

http://www.circbase.org/，circBase是一个环状RNA的数据库,收录了人类,小鼠等多个物种的环状RNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的环状RNA。在该数据库中,环状RNA的ID以物种的三字母缩写开头，比如hsa_circ_0018046,记录了circRNA的头尾在染色体上的为位置，来源基因，序列等信息。

以BAG1为例:

得到如下结果：

这里可以导出结果，点击Export results；如果要详细了解某个circRNA可以点击circRNA ID，跳转至以下界面：

点击position会跳转至UCSC网站：

我们也可以通过list search 和table browser来检索：

02

circRNA: 组织特异性分布数据库

TSCD数据库（http://gb.whu.edu.cn/TSCD/）是检索人和小鼠中组织特异性的circRNA信息的数据库，也包括成人和胚胎的不同组织。对于想了解不同组织中的特异性表达的circRNA，可以在该数据库进行检索。选择comparison，我们可以检索两个组织共有的circRNA

选择Browser-hg19 |mm9

以A2M为例：

03

circRNADb:circRNA编码蛋白数据库

http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php

选择Advanced Retrieval—-Browse by Gene Symbol，在搜索框中输入“NRG1”，提交后可发现NRG1这个基因可形成3种circRNA。

点击进入新的界面，这三个circRNA分别是hsa_circ_13061、hsa_circ_00907和hsa_circ_14429，具体情况可点击名称进一步查看。

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