转自：生信菜鸟团

上一期我们给大家带来一个基础的数据库 circBase 逐渐壮大的过程，集人类、小鼠、线虫等模式动物的circRNA研究进展，并支持上传下载，提供 UCSC 基因组信息查询。目前，已有多篇文献基于此进行下游验证研究，并发表文章。例如：

或者，

今天的推送将介绍一个全球高访问热度的人类癌症特异 circRNA 数据库 cancer-specific circRNA database (CSCD, http://gb.whu.edu.cn/CSCD)。那个白点其实就是我正在访问的位置：）

数据库最新概况

CSCD的数据包含87个癌细胞系样本、总共228个RNA测序数据集（total RNA with rRNA depleted or polyA- enriched），通过4种常用的circRNA识别算法综合分析，总共呈现272,152条癌症特性性circRNA，其中950,962条circRNA为癌症特性性表达。

愿景： CSCD提供一下几个角度，拟促进circRNA在癌症的研究：

癌症特异circRNA (Cancer-specific circRNAs, CS-circRNAs)研究；

1、CS-circRNAs的miRNA sponge 功能；

2、CS-circRNAs与蛋白 (RBP) 互作；

3、CS-circRNAs的翻译 (ORF)；

4、CS-circRNAs的可变性剪切。

功能介绍

CSDS数据库的搜索界面主要能够通过以下几种词条进行癌症特异性circRNA信息搜索：

1、细胞类型 ( cell type)

2、基因标签 ( gene symbol)

3、亚细胞位置 ( cellular location)

在输出列表中，用户将获得每一种癌症相关circRNA的所有信息，包括样本来源、circRNA来源基因的信息，基因组坐标位置、注释，Junction Reads的数量，circRNA 与线性基因之间的比率，外显子剪切的信息，circbase id，细胞位置，获得circRNA所预测使用的算法以及表达丰度。并提供下载功能。

亮点介绍

单击 Gene symbol 或者circRNA id将在有边框中获得一系列可视化的材料。点击 UCSC将进一步获得该片段在染色体上的具体信息。在右上面板中，以圆弧连接预测 donor 及accepted site的形式来表现circRNA的形成种类，在上方的标签中进一步展示circRNA来源基因的注释以及接头reads的数量、位置等信息。

在右下面板中，以不同颜色代表目标circRNA序列上，预测的 MRE, RBP, ORF信息。在标签中能够获得更详细的内容，包括MRE位点的类型、起始坐标以及miRNA家族信息；RBP的名称、坐标位置；以及ORF的位置信息。

注意事项：

目前，CSDS支持 GRCH37及GRCH38两个版本的人类基因组信息，因此在使用前自行选择。

小结：

总体来说，虽然数据库整体以整合现有数据为主，提供多角度的cs-circRNAs信息。界面比较友好，访问速度也快，链接按钮都可用，对于设计课题初期的相关癌症样本circRNA研究信息获取具有极大帮助。

部分参考文献

Tang, Weiwei, et al. "CircRNA microarray profiling identifies a novel circulating biomarker for detection of gastric cancer." Molecular cancer 17.1 (2018): 137.

Chen, Yajun, et al. "Circular RNA circAGO2 drives cancer progression through facilitating HuR-repressed functions of AGO2-miRNA complexes." Cell Death & Differentiation(2018): 1.

Xia, Siyu, et al. "CSCD: a database for cancer-specific circular RNAs." Nucleic acids research 46.D1 (2017): D925-D929.