转载自：生信菜鸟团

文献速报

主题 ：miR-375 / YAP1 蛋白调控途径

第一篇内容为，骨肉瘤 (Osteosarcoma) 细胞过程circRNA相关机理研究。通过对肿瘤相关高表达的circRNA的筛选，作者挑取骨肉瘤细胞凋亡相关的circFAT1展开实验验证。在OS组织中，circFAT1上调且能够有效吸附 miR-375 以促进 YAP1 的表达。敲低 circFAT1 结果显示，通过靶向 miR-375 / YAP1轴有效抑制OS细胞的侵袭性和转移。

骨肉瘤（OS），一种常见的恶性骨癌，青春期和儿童期的发病率最高，目前的治疗的手段包括手术和化疗，由于转移以及耐药性导致的复发，5年的生存率小于70%。因此该研究对诊断标志物及靶向治疗具有参考价值。

第二篇内容为，ALV-J (Avian leukosis virus subgroup J) 侵染鸡致病过程circRNA途径机理研究。作者在前期的数据分析文章的基础上 (该线索并没有做报道)，以实验为主导，在线发表了鸡中由 ALV-J 病毒诱导 circ-Vav3 / gga-miR-375 / YAP1的癌症调控途径。

ALV-J 是一种鸡群传播的逆转录病毒，鸡感染后致死率极高，目前市场上并没有专门的疫苗验证，采取抗性选育的方式规避，该研究报道能够为防治提供参考思路。

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上一期我们展示了一款基于 perl 编写的 circRNA 识别工具 UROBORUS，在UMJ (unbalanced mapped junction)上控制circRNA识别的假阳性具有突出表现。但是也存在着一些小的短板，如比对工具使用的 tophat，限制了片段的比对长度 (50-100bp)，且消耗较多的计算成本。本期的学习专题将介绍一个2018年下半年上线的人类circRNA数据库 circbank，我们来一起看一下吧。

数据库最新概况

1、circBank 是一个人类circRNA综合数据库，其中包含140,000 条不同来源的注释circRNA。除了基本信息如染色体定位等以外，还添加了一些新的circRNA信息，包含：

2、新定义的命名方式 ( 物种+circ+基因名称+编号，如 hsa_circFAT3_013 与 circbasehsa_circ_0023999等同，但是包含的信息量更多)

3、靶miRNA ( miRanda & targetscan)

4、编码潜能预测 ( CPAT基于ORF size, ORF coverage, Fickett TESTCODE and Hexamer usage bias 特征计算，IRES 元件预测使用 IRESfinder )

5、保守性分析 (基于小鼠 mm9)

6、circRNA变异位点 (信息来源于 COSMIC database)

7、甲基化 ( m6A，内容来源于已报道的circRNA)

搜索功能

circBank 搜索支持 circBank ID 、circBase ID、Gene name (gene symbol) 以及 refseq transcript ID获得circRNA信息，用户能够通过设置保守性、甲基化以及编码潜能过滤获得对应序列。并支持导出基本信息。

miRNA搜索功能支持miRNA ID、circBank ID 、circBase ID。这里要注意的是miRNA输入的时候需要添加物种名称，例 hsa-miR-375，若不添加则无法获得对应的预测结果，大小写不敏感。同样，该页面允许用户能够通过设置保守性、甲基化以及编码潜能过滤获得对应序列。在结果表格栏的右上角可以挑选显示内容，如指定miRNA预测软件。

特色信息

正如上述提到的提供基本信息外，circBank包含更详细的编码位点预测分析、IRES 元件预测及分值信息、变异位点及m6A信息。

与CSDS (Cancer-Specific CircRNA database) 比较来看，在搜索设置上，CSDS支持细胞类型、基因标签 (gene symbol) 以及染色体位置信息搜索；而circBank 支持的circBase数据库编号更便于快速搜索，但是在 gene symbol 中circBank不支持模糊搜索，如 FAT无法获得结果。

CSDS 可视化更利于快速获得信息，而circBank以列表的形式展现更多的内容，支持选择靶miRNA工具，更有利于全局搜索。如 文献速报 中提到的 circFAT/miRNA-375 的预测中，预测结果可能在网站设计的阈值中已被过滤。

两者各有千秋，基于circBase的信息上，具有不同的特色，在搜索时需要结合需求，挑选合适的预测结果，加以本地分析验证，有助于实验验证。