从疾病出发找血液外泌体的RNA–exoRBase你值得拥有

转载： 小丫么小二郎 小张聊科研（微信公众号|）

外泌体是由大多数细胞分泌的纳米级内吞囊泡，含有丰富的不同RNA种类，可以调节受体细胞的行为，可以用作疾病的循环生物标志物。

今天我们来介绍一个人血液外泌体中RNA的数据库——exoRBase，它可以帮助我们迅速获取来自人血液外泌体的RNA-seq数据分析得到的circRNA，lincRNA以及mRNA的信息—exoRBase：a database of circRNA, lncRNA and mRNA inhuman blood exosomes.

网址：http://www.exorbase.org/

在具体使用上，我们可以浏览，这里我们可以选择circRNA或者lncRNA和mRNA进行浏览。

对于lncRNA和mRNA，数据库提供了“组织特异性”选项，用于选择在一个组织中特异性表达的lncRNA和/或mRNA，这帮助我们选择从某些特定组织产生的血液外泌体中的RNA候选物。

这里我们以肝细胞癌（HCC）为例，选择在肝脏中特异性表达:

点击search后的结果：

这里我们可以看到在肝脏组织中特异性表达的基因名称，基因类型，检测频率，表达等级，组织特异性，特异性分数，样本类型等等。

接下来是搜索search功能：

我们通过点击lncRNA and mRNA，以TRAF3,GAB2,SNX1这三个基因为例，点击search后得到基因在各个样本中的表达线图：

通过点击Heatmap chart我们可以得到基因在样本中表达的热图：

还可以对数据进行展示：

点击GAB2得到此基因的详细信息：

通过点击GAB2基因的图片图标，得到箱式图：

可以直观地反应GAB2基因在样本中的表达情况。

最后我们可以下载每个样本和组合样本中circRNA，lncRNA和mRNA的表达谱以进行定制分析。

例如，我们下载HCC_circRNA的表达谱后得到：

我们还可以对RNA详细信息的注释文件以及实验验证的文件进行下载

例如，circRNA的注释文件如下：

实验证实的文件：

好啦，这个数据库就介绍到这里了，希望对大家有帮助哦！